A linstar de la Honda Civic, le CR-V peut proposer un toit panoramique en verre feuilleté et teinté, de série sur les modèles Luxury et Innova. Ce toit vitré sétire du pare-brise jusquà hauteur des sièges arrière pour apporter une luminosité et une clarté encore supérieures dans lhabitacle. Vu de lintérieur, ce panneau de verre est divisé en deux parties de mêmes dimensions par le garnissage de toit. Elles sont toutes deux pourvues dun store électrique, réalisé dans le même tissu que le ciel de toit, qui peut être déployé le cas échéant pour recouvrir chacune de ces deux parties vitrées.